Zapotec é jogado em 5 rodadas, em cada rodada os jogadores selecionam uma carta de ação, recebem renda (recursos) e executam as suas ações capitais e de construção, pontuando ao final de cada turno.
►O jogador ativo paga 1, 2 ou 3 ouros para obter uma peça de comércio de cada fileira uma vez por turno, ao final do turno as peças serão repostas.
►As peças da fileira superior custam 1 Ouro e fornecem recursos imediatamente após a compra. Vire-as logo após usar e deixe-as perto de seu Tabuleiro de Jogador.
►As peças da fileira do meio custam 2 Ouros e lhe dão uma habilidade especial que pode ser realizada uma vez por rodada. A habilidade fica disponível imediatamente após a compra. Após utilizar, vire a peça para baixo (e vire-a para cima de novo no começo da próxima rodada).
►As peças da fileira inferior custam 3 Ouros e lhe dão uma habilidade mais poderosa que, dependendo da peça, pode ser realizada imediatamente, uma vez por rodada ou pode ser uma habilidade permanente.
►O jogador paga 1 Sacerdote, 1 Madeira, 1 Tijolo e 1 Pedra para construir um nível de pirâmide em um espaço vazio (escolhendo uma peça de pontuação) ou em uma pirâmide com um ou dois níveis.
►O jogador deve construir usando sua maior peça de pirâmide disponível, mas uma pirâmide pode estar completa com uma, duas ou três peças.
►O jogador pode realizar um ritual para cada peça de pirâmide que possuir e somente pode colocar um disco em cada carta.
►Jogador gasta 1 Sacerdote mais 1 moeda para cada disco de jogador já existente na carta.
►O jogador paga 1 sacerdote e 1 até 5 milhos e avança na trilha para cada milho gasto, recebendo o bônus de todos os espaços avançado. Os discos devem ser empilhados, quem chegou primeiro está na frente da trilha.
►Os bônus oferecem descontos em ouro para as peças de comércio, não gasta sacerdotes no ritual e o 11° passo permite colocar um disco em um ritual imediatamente sem gastar sacerdotes, nem ter peça de pirâmide.
►Pagando recursos básicos, o jogador pode construir qualquer número de construções, respeitando o espaço possível determinado em sua carta de ação, colocando uma de suas casas e posicionando a peça da construção recebida em seu tabuleiro.
►Uma vez no jogo pode construí o Palácio, pagando 1 de cada recurso básico, respeitando a carta de ação do jogador. A peça de Palácio conta como duas casas mas a peça de construção obtida não vai para a tabela de recursos.
►Ao fim da etapa de construção, o jogador recebe 2 pontos para cada casa (ou 4 pontos para o palácio) que esteja no tabuleiro e que corresponda a carta de pontuação da rodada.
►Após pontuar o jogador pega uma das cartas da oferta para sua mão.
►Pule este passo na última rodada
►Ao fim dos turnos dos jogadores, uma carta de ação estará disponível na oferta e deverá ser movida para o espaço de pontuação da próxima rodada.
►Todas as cartas dos jogadores formam a nova oferta acrescentada de uma nova carta aberta da pilha.
►Ao fim da quinta rodada a partida se encerra e calculada a pontuação final:
►Trilha de Sacrifício: Jogadores recebem 9, 6 ou 3 pontos de acordo com a sua colocação na trilha, jogadores que não avançaram, não recebem pontos
►Rituais: Recebem os pontos de acordo com as cartas que contém seus discos.
►Pirâmides: Recebem 1 ponto para cada nível e para cada construção relativa a peça de pontuação da pirâmide. Se a pirâmide estiver completa, o jogador recebe 5 pontos para cada peça sua.
O jogador com mais pontos de vitória vence e a trilha de sacrifício desempata a partida.